中国妇女出版社根据业务开展的需要，共设一级主责部门8个（处级岗位）：业务层面包括主题图书编辑部、图书数字出版中心、图书营销印务中心；业务支持层面包括综合编务部；管理层面包括行政管理办公室、财务部、人事部，同时为进一步规范加强党组织工作，设立党建办公室。

截止到2024年5月，出版社共有在职员工53人，全部根据公司制企业管理要求，签署《劳动合同》，在全国妇联组织部的指导下，进行企业化管理。另有退休员工32人。

出版社在全国妇联机关党委的领导下，根据《公司章程》建立基层党组织，现有党小组4个，其中在职人员党小组3个，退休人员党小组1个。出版社现有在职党员26人，退休党员9人。