中国妇女出版社根据业务开展的需要，设立主题图书编辑部、图书数字出版中心、图书营销印务中心三大核心业务部门和财务、行政、人事、综合编务等管理服务部门。

截止到2022年12月底，出版社共有在职员工53人，全部根据公司制企业管理要求，签署《劳动合同》，在全国妇联组织部的指导下，进行企业化管理。另有退休员工29人。

出版社在全国妇联机关党委的领导下，根据《公司章程》建立基层党组织，现有党小组4个，其中在职人员党小组3个，退休人员党小组1个。出版社现有在职党员25人，退休党员9人。